วชิรพยาบาล เป็นโรงพยาบาลแห่งแรกๆ ที่เกิดขึ้นในประเทศไทย สถาปนาขึ้นโดยพระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว พระองค์ทรงสละพระราชทรัพย์ส่วนพระองค์จัดซื้อที่ดินพร้อมด้วยตึกและสิ่งปลูกสร้าง มอบไว้เป็นสาธารณสถานแก่ประชาชนให้เป็นที่พยาบาลผู้ป่วยไข้ต่อไป พระองค์เสด็จพระราชดำเนินมาเปิดโรงพยาบาลเมื่อวันที่ 2 มกราคม พ.ศ. 2455 (นับปีปฏิทินแบบเก่า) พร้อมทั้งพระราชทานนามโรงพยาบาลว่า "วชิรพยาบาล"

วชิรพยาบาลได้ริเริ่มก่อตั้งโรงเรียนแพทย์ขึ้นเมื่อ พ.ศ. 2528 ด้วยความร่วมมือจากมหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ ซึ่งร่วมกันตั้งคณะแพทยศาสตร์วชิรพยาบาลขึ้นภายในโรงพยาบาลวชิรพยาบาล เป็นโรงเรียนแพทย์ที่ก่อตั้งขึ้นแห่งที่ 8 ของประเทศไทย นิสิตจะศึกษาภาคปรีคลินิกที่มหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒและศึกษาภาคคลินิกที่วชิรพยาบาล

ภายหลังกรุงเทพมหานครได้มีแนวคิดที่จะเปิดโรงเรียนแพทย์เป็นของตนเอง วิทยาลัยแพทยศาสตร์กรุงเทพมหานคร จึงได้รับการก่อตั้งขึ้น ภายใต้สังกัด สำนักการแพทย์ กรุงเทพมหานคร โดยมีการประกาศอย่างเป็นทางการลงราชกิจจานุเบกษา เมื่อวันที่ 28 มกราคม 2536[1] วิทยาลัยแพทยศาสตร์กรุงเทพมหานคร ได้เข้าเป็นสถาบันสมทบของ มหาวิทยาลัยมหิดล ซึ่งนักศึกษาจะได้ศึกษาระดับปรีคลินิกที่ มหาวิทยาลัยมหิดล กำกับดูแลโดย คณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยมหิดล ในชั้นปีที่ 1 ถึง ภาคต้นของชั้นปีที่ 3 แล้วเข้ามาศึกษาระดับคลินิก ตั้งแต่ชั้นปีที่ 3 ภาคปลาย ที่โรงพยาบาลวชิรพยาบาล บัณฑิตแพทยศาสตร์จะได้รับพระราชทานปริญญาบัตรจากมหาวิทยาลัยมหิดล [2]

ในครั้งแรก วิทยาลัยแพทยศาสตร์กรุงเทพมหานครดำเนินการสอบรับนักศึกษาร่วมกับ คณะแพทยศาสตร์ศิริราชพยาบาล มหาวิทยาลัยมหิดล เมื่อกุมภาพันธ์ 2536 กรุงเทพมหานครประกาศเปิดรับสมัครสอบคัดเลือกบุคคลเพื่อเข้าศึกษาต่อในวิทยาลัยแพทยศาสตร์กรุงเทพมหานคร ในหลักสูตรแพทยศาสตรบัณฑิต รุ่นที่ 1 จำนวน 32 คน โดยมีผู้มาสมัครสอบคัดเลือกทั้งสิ้นถึง 936 คน ในปีการศึกษาต่อมาได้รับนักศึกษาผ่านการสอบคัดเลือกบุคคลเข้าศึกษาในสถาบันอุดมศึกษาโดยทบวงมหาวิทยาลัย

ต่อมาในปี พ.ศ. 2541[3] ได้มีการปรับปรุงโครงสร้างใหม่ โดยได้รวม "วิทยาลัยแพทยศาสตร์กรุงเทพมหานคร" และ "วชิรพยาบาล" เข้าเป็นหน่วยราชการเดียวกันโดยใช้ชื่อว่า "วิทยาลัยแพทยศาสตร์กรุงเทพมหานครและวชิรพยาบาล" (วพบ.) ทำให้วิทยาลัยแพทยศาสตร์กรุงเทพมหานครและวชิรพยาบาลได้รับการบริหารจากวชิรพยาบาลโดยตรง ในเวลานี้วชิรพยาบาลได้มีการพัฒนาและเจริญเติบโตอย่างต่อเนื่อง จากนักศึกษา 32 คนในรุ่นแรก ได้รับนักศึกษาเพิ่มเป็น 50 คน จนกระทั่ง พ.ศ. 2547 ได้รับนักศึกษารุ่นละ 80 คนเป็นต้นมา

จากนั้นในวันที่ 12 พฤศจิกายน พ.ศ. 2553 ทางวิทยาลัยแพทยศาสตร์กรุงเทพมหานครและวชิรพยาบาล ร่วมกับ วิทยาลัยพยาบาลเกื้อการุณย์ ซึ่งเป็นโรงเรียนพยาบาลในสังกัด สำนักการแพทย์ กรุงเทพมหานคร ได้ร่วมกันก่อตั้งมหาวิทยาลัยแห่งใหม่ขึ้นมา ในนาม มหาวิทยาลัยกรุงเทพมหานคร ทำให้วิทยาลัยแพทยศาสตร์กรุงเทพมหานครและวชิรพยาบาลมีสถานะเป็นคณะแพทยศาสตร์ในมหาวิทยาลัย โดยใช้ชื่อคณะเป็น "คณะแพทยศาสตร์วชิรพยาบาล มหาวิทยาลัยกรุงเทพมหานคร" ได้มีการประกาศอย่างเป็นทางการลงราชกิจจานุเบกษา และมีผลบังคับใช้ใน วันเสาร์ที่ 13 พฤศจิกายน พ.ศ. 2553 [4] ในเดือนพฤศจิกายนได้ขอพระราชทานนามมหาวิทยาลัย ต่อมาเมื่อวันที่ 3 มิถุนายน 2554 พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ พระราชทานชื่อมหาวิทยาลัยว่า “มหาวิทยาลัยนวมินทราธิราช” โดยมีผลบังคับใช้ตั้งแต่วันที่ 21 มิถุนายน 2556 [5]

หลังจากคณะฯ ได้ยกสถานะตามบทเฉพาะการในพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยนวมินทราธิราช พ.ศ. 2553 แล้ว คณะแพทยศาสตร์วชิรพยาบาล ได้ยกเลิกการเป็นสถาบันสมทบของมหาวิทยาลัยมหิดล โดยมีสถานะเป็นสถาบันร่วมผลิตแพทย์[6] โดยนักศึกษาที่เข้าเรียนตั้งแต่ปีการศึกษา 2554 เป็นต้นไป เมื่อจบการศึกษาและจะได้รับพระราชทานปริญญาบัตรจากมหาวิทยาลัยนวมินทราธิราช และ ตั้งแต่ปีการศึกษา 2557 เป็นต้นมา คณะฯ ได้เริ่มย้ายการจัดการเรียนการสอนภาคปรีคลินิก ชั้นปีที่ 3 ภาคต้น ของหลักสูตรแพทยศาสตรบัณฑิต จากคณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยมหิดล มาจัดการเรียนการสอนเองโดยภาควิชาพยาธิวิทยาคลินิก และ ภาควิชาพยาธิวิทยากายวิภาค ส่วนรายวิชาปรีคลินิกในชั้นปีที่ 2 อยู่ระหว่างการพัฒนาบุคลากรและสถานที่จัดการเรียนการสอน และยังจัดการเรียนการสอนคณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยมหิดล ตามเดิม

ในปีการศึกษา 2557 คณะแพทยศาสตร์วชิรพยาบาล ได้รับการอนุมัติจากสภามหาวิทยาลัย ให้เปิดดำเนินการเรียนการสอนหลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาปฏิบัติการฉุกเฉินการแพทย์ อีกหลักสูตรหนึ่ง และต่อมาในปีการศึกษา 2561 คณะแพทยศาสตร์วชิรพยาบาล ได้รับการอนุมัติจากสภามหาวิทยาลัย ให้เปิดดำเนินการเรียนการสอนหลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาวิชารังสีเทคนิค ซึ่งเป็นหลักสูตรวิทยาศาสตร์สุขภาพลำดับที่สอง นับเป็นการขยายขีดความสามารถในการผลิตบัณฑิตในสาขาที่ขาดแคลน และเป็นที่ต้องการของสังคม

ต่อมาในปีการศึกษา 2562 สภามหาวิทยาลัยนวมินทราธิราช ได้อนุมัติหลักการให้คณะแพทยศาสตร์วชิรพยาบาล ดำเนินการปรับปรุงหลักสูตรแพทยศาสตรบัณฑิต (ฉบับปรับปรุง พ.ศ. 2562) สำหรับนักศึกษาแพทย์ที่เข้าศึกษาในปีการศึกษา 2562 เป็นต้นไป โดยย้ายสถานที่จัดการเรียนการสอนรายวิชาศึกษาทั่วไป เตรียมแพทย์ และปรีคลินิกจาก มหาวิทยาลัยมหิดล ศาลายา ในชั้นปีที่ 1 และ คณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยมหิดล พญาไท ในชั้นปีที่ 2 มาจัดการเรียนการสอนโดยมหาวิทยาลัยนวมินทราธิราชตลอดทั้งหลักสูตร พร้อมทั้งเพิ่มศักยภาพในการผลิตแพทย์จากเดิม 80 คน เป็น 100 คน โดยแบ่งเป็นปฏิบัติงานในชั้นคลินิกที่วชิรพยาบาล จำนวน 80 คน และ โรงพยาบาลตากสิน สำนักการแพทย์ กรุงเทพมหานคร อีก 20 คน ทั้งนี้สำหรับนักศึกษาที่เข้าศึกษาก่อนปีการศึกษา 2562 ยังคงศึกษาชั้นปีที่ 2 ที่คณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยมหิดล ตามเดิม